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一、准备阶段
了解标准：企业需详细阅读ISO9001(质量管理体系)、ISO14001(环境管理体系)和ISO45001(职业健康安全管理体系)三个标准，理解其核心理念和要求，确保企业的管理体系与之相符。
成立专项工作小组：企业应组建由高层领导、中层管理和基层员工代表组成的三体系认证工作小组，负责协调和指导整个认证过程。
现状分析：企业应对自身的质量、环境和职业健康安全管理体系进行现状分析，找出存在的问题和改进的方向。
制定实施计划：根据现状分析，企业需制定详细的三体系认证实施计划，包括时间节点、责任人、具体措施等。
编制管理体系文件：企业应根据三体系认证标准，编制相应的管理体系文件，如质量手册、环境手册、职业健康安全手册以及程序文件、作业指导书等，明确管理体系的要求和流程。
培训与宣传：企业应组织内部培训，使员工熟悉三体系认证标准和企业的管理体系文件，提高员工的认证意识和能力。同时，企业还应加强对外宣传，提高客户和社会对三体系认证的认知度。
二、申请认证阶段
选择认证机构：企业需选择具有正规性和公信力的认证机构，了解其认证流程和要求，确保认证工作的顺利进行。在选择时，应优先考虑有信誉良好的机构。
提交申请：企业应按照认证机构的要求，提交完整的申请材料，包括企业简介、管理体系文件、内部审核报告等。
合同签订：企业与认证机构签订认证合同，明确双方的权利和义务，约定认证的具体事项和费用。
三、认证阶段
审核准备：企业应按照认证机构的要求，做好现场审核的准备工作，包括安排审核时间、准备审核材料、组织相关人员等。
现场审核：认证机构的审核员将对企业进行现场审核，检查企业的管理体系运行情况、文件和记录等，确保企业符合三体系认证标准。审核一般分为文件审核和现场审核两个阶段，文件审核主要是对企业提交的管理体系文件进行审查，现场审核则是深入企业现场进行检查。
审核报告：审核员将根据现场审核情况，编写审核报告，指出企业存在的问题和改进建议。企业应按照审核报告的要求，及时整改问题，确保管理体系的持续改进。
四、颁发证书与持续监督
证书颁发：经过现场审核并符合三体系认证标准的企业，将获得认证机构颁发的三体系认证证书，证明其管理体系达到了要求。
持续监督：获得三体系认证证书后，企业需接受认证机构的持续监督，确保其管理体系始终保持符合认证标准的状态。持续监督包括定期的监督审核和不定期的飞行检查。监督审核是对企业管理体系运行情况的定期检查，确保企业持续改进和保持认证标准。飞行检查则是认证机构在不通知企业的情况下，对企业的管理体系进行突击检查，以验证企业是否始终保持认证标准。
以上是三体系认证的一般办理流程，具体流程可能因认证机构和企业的实际情况而有所不同。因此，在办理过程中，企业应保持与认证机构的密切沟通，确保认证工作的顺利进行。